Στην αρμοδιότητα της Γενικής Διεύθυνσης Τελωνείων και Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης (ΕΦΚ) ανήκει:

- Η γενική κατεύθυνση, η παρακολούθηση, ο συντονισμός και ο έλεγχος των τελωνειακών αρχών σε θέματα εφαρμογής της τελωνειακής, δασμολογικής, φορολογικής ως προς τους ΕΦΚ και τον ΦΠΑ στα εισαγόμενα - εξαγόμενα και στα υποκείμενα σε ΕΦΚ αγαθά, καθώς και της συναφούς με την Τελωνειακή Υπηρεσία νομοθεσίας.

- Η εισήγηση των αναγκαίων νομοθετικών και διοικητικών μέτρων βελτίωσης, εναρμόνισης και προσαρμογής της ανωτέρω νομοθεσίας στην εκάστοτε δημοσιονομική πολιτική και τη σχετική κοινοτική νομοθεσία.