Η Τελωνειακή Υπηρεσία με ιδρυτικό έτος το 1831, αποτελεί μία από τις αρχαιότερες, αμέσως μετά τον Ελληνικό Στρατό και το Πολεμικό Ναυτικό. Όπως κάθε ευνομούμενο κράτος, έτσι και η Ελλάδα της εποχής εκείνης έπρεπε να αναπτύξει μηχανισμούς προάσπισης της εδαφικής ακεραιότητάς της και εν συνεχεία να δρομολογήσει τους τρόπους συγκέντρωσης των απαραίτητων πόρων για την επίτευξη του σκοπού αυτού. Η Υπηρεσία ήταν ένοπλη με την παραδοσιακή στολή της εποχής εκείνης, είχε έφιππο τμήμα και χωριζόταν σύμφωνα με τα κρατούντα της εποχής εκείνης, σε δεκαρχίες και εξηνταρχίες και συνεπικουρείτο από το Στρατό και το Ειδικό Τμήμα Οροφυλακής στην καταπολέμηση του λαθρεμπορίου.
Το 1918, η Γαλλική Αποστολή από το Υπουργείο Οικονομικών της φίλης χώρας προσκλήθηκε και έθεσε τις βάσεις της νεώτερης Τελωνειακής Υπηρεσίας που στηρίζεται στο γαλλικό διοικητικό σύστημα αποκέντρωσης. Κατ' αυτόν τον τρόπο άλλαξε ο ρόλος της Τελωνειακής Υπηρεσίας κι έγινε περισσότερο εισπρακτικός παρά διωκτικός χωρίς όμως την απώλεια του αντικειμένου της δίωξης λαθρεμπορίου, το οποίο στην παρούσα στιγμή είναι κοινό αντικείμενο με την Ελληνική Αστυνομία και το Λιμενικό κατά λόγο αρμοδιότητας.
Το 1931 η Τελωνειακή Υπηρεσία απέκτησε πολεμικά πλοία, τα οποία με την ονομασία Θαλάσσια Οικονομική Αστυνομία (Θ.Ο.Α.) διενεργούσαν έλεγχο επί των πλοίων και φορτίων και δίωξη λαθρεμπορίου κατά θάλασσα, τα οποία υφίστανται μέχρι και σήμερα με την ονομασία Πλοία Δίωξης εξακολουθούν να υφίστανται, υπαγόμενα πλέον στο ΣΔΟΕ, ως αρμοδιότητα της Τελωνειακής Υπηρεσίας.
Σήμερα η Τελωνειακή Υπηρεσία είναι μια πολιτική υπηρεσία, οι υπάλληλοι πειθαρχούν στις διατάξεις του Υπαλληλικού Κώδικα Πολιτικών Υπαλλήλων και δικάζονται από την Πολιτική Δικαιοσύνη. Έχει όμως βασικά στρατιωτικά χαρακτηριστικά εφόσον είναι ένστολο σώμα και φέρει οπλισμό. Όπως είναι γνωστό, η Τελωνειακή Υπηρεσία είναι η υπηρεσία μέσω της οποίας το Κράτος ασκεί το δικαίωμα του για έλεγχο των διακινούμενων διεθνώς εμπορευμάτων και προσώπων, προς εξασφάλιση των Τελωνειακών Εσόδων και την τήρηση των απαγορευτικών και περιοριστικών διατάξεων που ισχύουν κάθε φορά.
Πριν το 1977 η Τελωνειακή Υπηρεσία υπαγόταν στη Γενική Διεύθυνση Φορολογίας, η οποία επόπτευε την άμεση και έμμεση φορολογία. Δηλαδή οι Τελωνειακοί και Εφοριακοί αν και ασκούσαν δύο εντελώς διαφορετικά καθήκοντα ήταν υπό ενιαία διοίκηση.
Με το Π.Δ. 636/77 η Τελωνειακή Υπηρεσία έγινε ανεξάρτητη και συστάθηκε η Γενική Διεύθυνση Τελωνείων διαχωρίστηκε δηλαδή η άμεση από την έμμεση φορολογία το 1982 με νόμο καταργήθηκαν οι Γενικές Διευθύνσεις ως θεσμός και επανασυστάθηκαν μετά το 1990.
Το 1993 με την υπαγωγή των Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης στην Τελωνειακή Υπηρεσία από 1.1.93 μετονομάστηκε σε Γενική Διεύθυνση Τελωνείων και ΕΦΚ, ονομασία που έχει και μέχρι σήμερα. Ο Γενικός Διευθυντής εποπτεύει και συντονίζει όλες τις διευθύνσεις της Κ.Υ. του Υπ. Οικονομικών και είναι συνδετικός κρίκος μεταξύ υπηρεσιακής και πολιτικής ηγεσίας, εκλέγεται δε από το Ειδικό Συμβούλιο μεταξύ των υπαλλήλων που έχουν ασκήσει καθήκοντα Διευθυντού.